Территория и сохранившиеся строения Митрофаньевского кладбища включены в единый государственный реестр объектов культурного наследия. Распоряжение об этом 4 марта подписал исполняющий обязанности председателя Комитета по государственному контролю, использованию и охране памятников истории и культуры Санкт-Петербурга (КГИОП) Александр Леонтьев.
Памятниками признаны ансамбль, само кладбище (как православное, так и лютеранское), церковный дом и здание церковно-приходской школы, дома причта, а также памятные места – храм Святого Митрофана Воронежского, церкви Всемилостивого Спаса и Сошествия Святого Духа, часовни Святого благородного князя Александра Невского и Блаженного странника Александра Крайнева, церковный дом с часовней и службами лютеранского кладбища, часовня для отпеваний, а также два склепа, в том числе семьи вице-адмирала Василия Головнина.
Решение КГИОПа в ближайшее время будет направлено в управление Росреестра, Министерство культуры РФ, а также собственникам самих признанных памятниками объектов. Также ожидается официальное опубликование документа.
До сих пор в реестре объектов культурного наследия числился только комплекс зданий при церкви Святого Митрофания – согласно документам городской администрации иных памятников на территории расположенного на Митрофаньевском шоссе кладбища выявлено не было. Это позволило чиновникам в 2009 году передать занимаемый им участок для строительства заправки «ПТК-Терминал» и для размещения строительной техники и строительного городка ЗАО «Желдорипотека» (дочерняя структура РЖД). Против такого использования исторического кладбища выступали группа верующих, образовавших так называемый Митрофаньевский союз. В 2011 году они устроили круглосуточное молитвенное стояние, что вынудило губернатора Санкт-Петербурга Георгия Полтавченко пересмотреть вопрос об использовании спорных территорий не в пользу застройщиков.
