Вообще, петербургские библиотеки имеют достаточно богатую историю «громких» похищений, что неудивительно – здесь расположены одни из самых крупнейших библиотек России. Так, в 1950 году из Публичной библиотеки (ныне – Российская национальная библиотека) был украден "Географический атлас", изданный в 1854 году, а в 1994 году похищены три географические карты 17-18 веков.
В ночь с 10 на 11 декабря 1994 года в отделе рукописей РНБ было совершено хищение западногерманских и восточных манускриптов, стоимость которых оценивается в 100 миллионов долларов. В организации кражи подозревался адвокат Дмитрий Якубовский. Впоследствии подозрения пали на В.Лебедева, бывшего хранителя восточных рукописей, эмигрировавшего в Израиль.
Осенью 1994 года в РНБ была совершена кража четырехтомного собрания литографий Дж. Одабона "Птицы Америки". Сотрудники библиотеки заметили ее только через год. Подозреваемым стал постоянный посетитель библиотеки Александр Мамонтов, который сумел переправить на Запад весь четырехтомник, вынося под мышкой по 5-7 листов. Выставив на "Кристи" "Птиц Америки", он предоставил администрации аукциона справку о том, что книга досталась ему по наследству. Процесс по делу о хищении "Птиц Америки" завершился в декабре 1999 года. Мамонтов был приговорен к шести годам лишения свободы и взят под стражу в зале суда.
В сентябре 1997 года был задержан сотрудник РНБ, у которого были изъяты приготовленные к продаже 16 томов Экономической энциклопедии 1770 года издания. В июле 2000 года в РНБ была обнаружена пропажа 28 томов Большой Советской энциклопедии.
В ночь с 12 на 13 ноября 1998 из библиотеки Гуманитарного университета профсоюзов были украдены 7 книг Шильдера о царствовании династии Романовых (1901-1905 гг.) и том "Мертвых душ" издания 1893 года.
5 января 2000 директор РАН сообщил в Василеостровское РУВД о краже трех номеров журнала "Казанский вестник" 1829-1830 гг. со статьей Лобачевского "О началах геометрии" из Библиотеки Академии наук (БАН).
В конце января 2000 года в БАН была обнаружена пропажа редких книг 16-17 веков, среди них труды Коперника 1543 года и две книги астронома Кеплера. Руководство библиотеки предположило, что книги были вынесены в период с ноября 1998 по 21 января 2000 года (в ноябре 1998 "Обращение небесных сфер" Коперника была на месте согласно актам документальной проверки). Кража была выявлена не случайно - правоохранительные органы сами рекомендовали руководству библиотеки проверить фонды, так как располагали оперативной информацией о возможном выставлении книг Коперника на аукционе в США.
Самая нашумевшая за последние годы история с кражей книг в Петербурге приключилась в ноябре 2002 года. Тогда из РНБ пропали единственный экземпляр сборника стихов Константина Большакова «Будущее», изданный в 1913 году в Москве, и прижизненное лондонское издание «Философии натуральных принципов математики» Исаака Ньютона. Из библиотеки Санкт-Петербургского университета исчезло еще одно издание книги Ньютона. А из читального зала Библиотеки РАН была вынесена книга Роберта Оуэна «Новый взгляд на общество, или Опыты о формировании характера» (также 1913 года издания).
По самым скромным подсчетам, стоимость раритетов, похищенных из петербургских библиотек, составила 85 тысяч долларов. Уже 12 ноября 2002 года сотрудниками т.н. «антикварного» отдела ГУВД Петербурга и области с поезда «Петербург – Саратов» за несколько минут до отправления была снята 29-летняя уроженка и жительница Саратова Светлана Данилина. При досмотре ее вещей был обнаружен студенческий билет на имя Натальи Королевой, аспирантки Кубанского госуниверситета, список из 16 книг на английском языке (в том числе Исаака Ньютона, Галилео Галилея, Томаса Манна и др. – все 16 – 18 века издания), калька со схемой расположения печатей и штампов контрольного листка для свободного выхода из здания библиотеки, перечень читальных залов, абонементов и каталогов Библиотеки Академии наук с указанием конкретных кабинетов хранения, график работы библиотеки на ноябрь месяц. Оперативники установили, что женщина ранее работала ведущим специалистом в библиотеке Саратовского госуниверситета.
Там, в Саратове, через некоторое время были задержаны 32-летний Дмитрий Зинченко (дальний родственник задержанной, кандидат исторических наук) и 22-летний Павел Прокофьев, сотрудник саратовского ГУИН. Всем троим было предъявлено обвинение в хищении раритетных книг не только из библиотеки в Петербурге, но и книгохранилищ Казани, Саратова и Москвы. Судебное следствие по т.н. «библиотечному» делу завершилось в августе 2003 года. Куйбышевский федеральный суд Петербурга признал Зинченко, Данилину и Прокофьева виновными в хищении ряда старинных книг. Все получили реальные сроки. Однако потом Светлана Данилина была помилована президентом России – в связи с семейными обстоятельствами и болезнью.
30 ноября 2005 года из читального зала РНБ была похищена монография известного российского историка Александра Преснякова «Московское царство». Как отмечают специалисты, «Московское царство» - это одна из серии книг, выпущенных «на гребне» последнего издания монографий историков, изучавших историю России «досоветского» периода, таких как Ростовцев, Фармаковский и другие. В Росохранкультуре похищенную книгу оценили всего в 25 тысяч рублей, однако ее «нематериальная» ценность гораздо выше. Оперативниками «антикварного» отдела ГУВД был установлен предполагаемый похититель книги – 24-летний житель Соснового Бора (слесаря, «увлекающегося историей»), у которого впоследствии и была обнаружена монография.
19 мая 2006 года с заявлением о пропаже 25 старинных альбомов в правоохранительные органы опять-таки обратились представители Российской национальной библиотеки. Похищенные альбомы посвящены истории военного костюма. Их ориентировочная стоимость – 50 тысяч долларов.