Все правильно Вам объяснили. В сложноподчинённых предложениях точка с запятой ставится, когда выполняются три условия: придаточные предложения достаточно распространены; между ними отсутствуют сочинительные союзы; они подчинены одному и тому же главному предложению.
В предложении: "Частое упоминание Сибири наводит на мысль, что Лука или сектант, или бывший каторжник, а отсутствие у него паспорта — что, возможно, и беглый", - второе условие не соблюдено. Вы же об этом предложении писали?