Варсонофий сменил в Петербурге митрополита Владимира в 2014 году после того как 85-летний священнослужитель попросился на пенсию по состоянию здоровья. При этом бывший митрополит Саранский и Мордовский сохранил за собой пост управделами Московской патриархии и жил следующие пять лет на два города.
Сразу по приезду в город, прямо на Московском вокзале, Варсонофий встретился с тогдашним градоначальником Георгием Полтавченко, но в дальнейшем их отношения, как казалось наблюдателям, не сложились. В том числе и потому, что губернатор и близкие к нему чиновники с большим пиететом относились к афонскому духовенству. Возможно, поэтому митрополиту так и не удалось пока добиться передачи церкви Исаакиевского собора - а эта тема стала центральной большую часть времени, что Варсонофий руководит петербургской епархией.
Впрочем, сам митрополит в разговоре с «Фонтанкой» эту сложность опровергал. «Никаких сложных отношений, это пресса выдумывает. У меня были самые близкие и теплые отношения. Зачем кого-то слушать? Это чья-то выдумка, самые добрые отношения у нас. Георгия Сергеевича я знаю уже лет 20». По его словам, с Полтавченко было удобно работать, ведь он был православным губернатором: «Ведь неверующий человек не понимает даже, зачем храмы нужны».
Не все гладко и в отношениях с новой паствой. Вместе с владыкой в город приехало немалое количество священников с его предыдущего места служения. Дискуссия на эту тему, шедшая внутри епархии, в 2015-м вылилась в публичное пространство с легкой руки на тот момент главы Исаакиевского собора Николая Бурова. Буров на пасхальном приеме прилюдно заявил иерарху, чтобы он «следил за своими мальчишками». То есть новыми настоятелями, прибывшими из земель саранских. «Не нам стоит брать благословения у Мордовии, а вам стоит брать у Петербурга, – сказал Николай Буров, по свидетельствам очевидцев. – И соблюдать такт по отношению к питерскому священству. Соблюдать традиции. Этот город пережил блокаду и, думаю, переживет вас!»
После этого Буров начал активную борьбу за музейный статус собора и в итоге потерял свою должность. Но, любопытно, что одним из первых кадровых решений врио губернатора Александра Беглова стало назначение бывшего директора Исаакиевского своим советником по культуре.
Митрополит Варсонофий в целом считает, что в Петербурге недостаточно храмов. Еще в Мордовии он говорил, что наиболее подходящая цифра - один храм на тысячу жителей. В городе на Неве же «4 тысячи человек приходится на храм, и это один из самых плохих показателей в стране».
Поэтому при нем строятся новые, и идет постоянный процесс истребования бывших церковных помещений. Один из последних примеров - требования вернуть церкви помещения, занятые ныне музеем городской скульптуры.
Одно из запомнившихся ярких высказываний Варсонофия - о «Газпром-арене». «В итоге до того дотянули, что пришлось даже молебны служить на стадионе, призывать на помощь небесные силы! И с Божьей помощью это строительство все-таки завершили», – рассказал митрополит журналистам.